Muzeum we Fromborku poświęcone Mikołajowi Kopernikowi zostało założone w 1912 roku przez kanonika Eugena Brachvogla. Pierwsza sala wystawowa powstała na Wzgórzu Katedralnym w tzw. Wieży Kopernika. Po II wojnie światowej muzeum ponownie zaistniało 5 września 1948 roku, kiedy w kanoniach wewnętrznych otwarto ekspozycję muzealną poświęconą Kopernikowi. Odbudowa muzeum trwała do roku 1973. W tym też roku w przyziemiu dawnej dzwonnicy katedralnej powstało planetarium. W roku 1975 muzeum uzyskało samodzielność.
